一般治疗：腹泻期要注意补充营养，又要适当减少饮食中的纤维素成份，像韭菜、芹菜、蒜苔等，要用少渣饮食，以减轻高纤维素成份可能给结肠粘膜带来的机械性损伤。关于结肠炎患者喝牛奶的问题，要看喝牛奶后有无腹泻加重，因为溃疡性结肠炎病人可能对牛乳蛋白过敏，另一方面，有些患者可能因肠道的乳糖酶缺乏服牛奶腹泻。在我国，患有乳糖酶缺乏症的人要比西方为多，因此，对腹泻期的炎症性肠病患者应仔细询问有无对牛乳过敏史，限制乳制品的摄入，有时会起到止泻的效果。

激素治疗：肾上腺皮质激素、氢可的松和强的松可改进结肠炎患者全身状况，使病程缓解，排粪次数减少，复发症状减轻和食欲增加。但也有的病人效果不好，并可使溃疡穿孔，出血和愈合缓慢。现在认为应用范围较小，对于急性暴发性或早期发作严重的结肠炎病人可使症状明显减轻，病情好转；对于长期反复发作的效果并不满意；促皮质激素单位溶于葡萄糖溶液，静脉滴注，症状改进后改用肌肉注射。氢可的松静脉注射，症状缓解后逐渐减量，可给药。皮质激素对缓解症状比可的松效用较好，但维持缓解的效用不如可的松。这种治疗如症状无改进，不应继续超过2周。

药物治疗：止泻药可减少排粪次数，减轻腹痛，常用复方苯乙哌啶、可待因和复方樟脑酊。止泻药物对急性发作的溃疡性结肠炎可能引起中毒性巨结肠，应慎重使用。也可给镇静药物和解痉药物。